根據病史、家族史、臨床表現及超聲心動圖檢查，一般可以確診。
1.梗阻型HCM
診斷HCM必須首先排除其他原因引起的心肌肥厚，如先心病，高血壓，內分泌代謝病等，若存在胸痛，暈厥，心悸等癥狀，心臟檢查發現心前區中晚期噴射性雜音，且雜音強度隨體位，屏氣，握拳等動作的改變而改變，心電圖顯示左心室肥厚、ST-T改變和異常Q波時，要考慮梗阻型HCM的診斷。若符合下列條件：心導管示左室流出道收縮期壓差＞2.67kPa(20mmHg)，或雖心血管造影示左室流出道狹窄；超聲心動圖示SAM現象，室間隔厚度/左心室后壁厚度之比為1.3～1.5，可確診梗阻型HCM。
2.非梗阻型HCM
臨床雖有心悸，乏力，頭暈等癥狀，但心臟檢查無雜音；超聲心動圖示室間隔和左室后壁增厚，無左室內徑擴大，心排出量基本正常，無SAM現象，心電圖有ST-T改變及異常Q波時，要考慮非梗阻型HCM的診斷，若心導管檢查示左室流出道與左室間無壓差，左心室造影示左室壁增厚，但無左室流出道狹窄及左室容量增加，無心排出量下降，可確診非梗阻型HCM。
3.合并舒張功能障礙型HCM
目前小兒尚無舒張功能不全的診斷標準，但若出現下列情況，要考慮舒張功能不全的診斷：有HCM病史和左心功能不全的表現，而查體無心臟擴大；X線檢查示肺淤血而心影正常或稍大；超聲心動圖示左心室舒張末期內徑不擴大，室壁厚度正常或增厚，內徑縮短率＞25%，而快速充盈期與心房收縮期二尖瓣血流速度之比(E/A比值)≤1，二尖瓣前葉舒張中期關閉速度(EF斜率)下降，組織多普勒提示舒張功能下降；放射性核素檢查左室舒張功能指標異常；心導管檢查示肺毛細血管楔嵌壓＞2.4kPa(18mmHg)，而無左室舒張末期容量升高；有創或無創檢查左心室射血分數正常者。