皮膚黏膜念珠菌病的診斷有賴于多種類型特有的臨床表現，并結合真菌檢查作出判斷。內臟念珠菌病除根據臨床表現外，需多次、多途徑培養為同一菌種方可確診。鑒于念珠菌是人體正常菌群之一，痰、糞便和陰道分泌物單純培養陽性，只能說明有念珠菌存在，不能確診為念珠菌病，直接鏡檢應看到假菌絲和芽胞，菌絲存在說明處于致病狀態。總之要根據患者有否宿主高危因素、臨床表現和真菌學依據，診斷患者是否有深部真菌感染。
