梅毒性鞏膜炎主要根據梅毒感染史及眼部的臨床表現多能明確診斷，參考全身系統檢查及輔助檢查陽性發現，可進一步確定病因診斷。但梅毒性后鞏膜炎的診斷由于后鞏膜炎的癥狀和體征具有多樣性，病情輕重表現復雜多變，在鞏膜中很少找到螺旋體，特別是三期和先天性梅毒，診斷比較困難。根據病史和體征，尤其有眼底改變時，輔以B超及CT、MRI掃描可做出正確診斷。
先天性梅毒性鞏膜炎可根據兒童眼部炎癥史，既往梅毒治療史，母親的血清學梅毒陽性史，其他眼部體征如椒鹽狀脈絡膜視網膜炎的眼底改變，或眼球萎縮，或梅毒遲發的臨床表現如耳聾、牙齒異常、拱狀腭或鞍樣鼻及FTA-ABS或MHA-TP試驗陽性而診斷。