真菌性腸炎的診斷比較困難，臨床病例多數被漏診或誤診，一是由于臨床癥狀一般不嚴重，缺乏特征性表現，少數甚至無明顯腹瀉，如曲菌腸炎；二是由于實驗室檢查中具確診意義的項目不多，有些項目又難以推廣應用。因此，真菌性腸炎的診斷需要運用多種方法，如病原學、病理學、免疫學等手段作綜合分析。
