分離質粒時，可以將質粒去得很干凈。方法為：先用TE之類的試劑將菌液懸浮起來，再用NaOH和SDS將菌液裂解（起裂解作用的主要是NaOH，但此時，SDS可以與蛋白很好的結合）。第三步，加入酸中合第二步中的堿，并且將SDS沉淀下來，同時，SDS和蛋白也一起沉淀下來，而基因組上面有很多的蛋白，這樣基因組就一起沉淀下來，上清只有質粒了。上清的質粒用乙醇沉淀，這樣得到的質粒基本沒有基因組。而分離基因組時，一般也是用SDS裂解（想對于堿裂解，SDS比較溫和）。同時還用蛋白酶K處理，將基因組上的蛋白降解掉，這樣就得到了基因組DNA。再用乙醇沉淀，去掉其他的東東。如果菌中含有質粒，質粒也一起提出來，無法去掉。至于后來的試劑盒，如柱式，前其原理一樣，不過最后一步純度是用柱子的方法。