蛋白質裂解液的選擇，除了要根據其“產量”，還要看所選擇的一抗是否能識別經變性的蛋白質樣品。一般來說對于不能識別變性的蛋白質樣品的一抗，其蛋白質裂解液都會是不含去污劑或含有較溫和的非離子去污劑的(如：NP-40，Triton X-100)。
蛋白質裂解液的配方有很多種，如何選擇合適的蛋白質裂解液是做好免疫印跡的第一步。一些含有SDS(十二烷基硫酸鈉)和強離子去污劑(如：脫氧膽酸鈉)的蛋白質裂解液能從組織或細胞中提取出大量的蛋白質，然而它們卻很容易會使蛋白質變性。這樣，對于一些只能識別非變性的抗原表位的抗體來說，那些能使蛋白質變性的含SDS和強離子去污劑的蛋白質裂解液就不能被選擇。
蛋白質的定位與蛋白質裂解液的選擇：
全細胞：NP-40或RIPA
細胞質(可溶)：Tris-HCl
細胞質(細胞骨架)：Tris-Triton
細胞膜：NP-40或RIPA
細胞核：RIPA
線粒體：RIPA