完全消除這種可能性的唯一辦法是禁欲。
避孕套可能避免體液媒介的性傳播疾病（STDs），如艾滋病（HIV），但對接觸或性交傳播的STDs作用不大，如HPV單純皰疹病（HSV）、觸染性軟疣病毒等。如果配偶的病變局限于避孕套覆蓋區域的陰莖的話，避孕套能夠保護婦女免受HPV的感染。但如果病變處于避孕套無法覆蓋的陰莖基底部及陰囊等部位時，避孕套對伴侶雙方都沒有保護作用。由于陰莖基底部及陰囊仍可能接觸到陰道病變中HPV感染細胞，避孕套對男性只能起到部分保護免受子宮頸及陰道病變中HPV傳染的作用。
最好的保護方法是在性接觸前充分了解對方：討論過往性史及任何STDs史、建立相互信任、持共享和謹慎的態度。雖然不能完全消除感染HPV的可能，還是應該考慮伴侶雙方都接受臨床醫生的STDs檢查。
避孕套確實能對HPV感染起到保護作用，對其它體液傳播的STDs有更好的保護作用。請使用避孕套。
女性避孕套能更完全地覆蓋可能感染HPV的區域，但也沒有絕對的保護作用。
殺精劑、膠凍及冷霜劑等的對抗HPV作用仍未證實，但它們對其它STDs有效，最好能與避孕套一起使用，而不是單獨使用。最近非洲的研究發現含有壬苯醇醚的殺精劑會增加HIV感染風險，并使HPV等其他病毒易于進入上皮細胞基底部或者超出炎癥反應引起的化學作用。