進行 PCR 反應時，遵照下列規則有助于防止 PCR 的污染。
（1）PCR 的前處理和后處理在不同的房間或不同的隔離工作臺上進行。即整個 PCR 操作要在不同的隔離區（標本處理區，PCR 擴增區，產物分析區）進行，特別是陽性對照需在另一個隔離環境中貯存、加入。
（2）試劑要分裝，每次取完試劑后蓋緊塞子。PCR 反應時將反應成分制備成混合液，然后再分裝到不同的反應管中，這樣可減少操作，避免污染。
（3）改進實驗操作，戴一次性手套，PCR 實驗應配置專用的微量可調加樣器，這套加樣器絕不能用于 PCR 反應產物的分析。用一次性移液器吸頭、反應管，避免反應液的飛濺等。
（4）檢查結果的重復性。
（5）經常處理儀器設備等潛在的 PCR 污染源，減少污染的可能。