①細胞學檢查:顯微鏡下在上皮細胞內找到包涵體;
②沙眼衣原體培養:為診斷沙眼衣原體感染最為敏感和特異的方法;
③沙眼衣原體抗原檢測:包括直接免疫熒光法和酶聯免疫吸附試驗;
④沙眼衣原體核酸檢測:PCR技術敏感性高,細胞培養陰性時亦能檢出衣原體DNA,但應防止污染而致的假陽性。
⑤血清抗體檢測:衣原體IgG、IgM。