單純眼肌型MG應與眼肌型肌營養不良癥、先天性上瞼下垂、Honer綜合征和眼瞼痙攣相鑒別。延髓肌無力者應與吉蘭-巴雷綜合征、進行性延髓麻痹等相區別。50歲以后起病的MG者若臨床表現為口干、淚少,晨重夜輕,或活動后反見癥狀減輕,受累范圍以下肢為重,不管是否伴發肺部或其他部位腫瘤,均應考慮Lambert-Eaton綜合征之可能,必須做進一步檢查以資鑒別。