嬰兒期腳氣病的特點是：神經麻痹先從顱神經開始，中樞神經系統癥狀突出，表現為神志淡漠，呆視或終日嗜睡，眼瞼下垂，頸肌和四肢非常柔軟，致頭頸后仰，手不能抓握，吮吸無力，不哭，各種腱反射由減弱而至消失。嚴重病例可發生肌肉萎縮和共濟失調，深部感覺和反射都消失。8～10個月的嬰兒患者，易于此期出現顱內壓升高和虛性腦膜炎征象，最終轉入昏迷和抽搐狀態。可因腦水腫和呼吸衰竭死亡。腦脊液除蛋白質稍增高外無其他特殊變化。嬰兒在任何神經麻痹發生之前，大多先出現聲音嘶啞、失音、啼哭無聲等喉返神經麻痹癥狀。重癥者恢復后有的可見癲癇樣發作的腦電圖，提示可能有后遺癥。
年長兒童神經系統損害主要為多發性周圍神經病變。感覺神經受損最為觸覺，次為痛覺，最后為發脹或麻木，針刺樣痛和燒灼感。腓腸肌有明顯觸壓痛感。感覺損害多為雙側對稱性，呈襪套樣分布。淺表感覺減退以后，深部感覺方出現障礙。運動神經的麻痹大多發生于感覺障礙之后，并先從下肢開始，向上進行性蔓延，下肢癱瘓先從足趾開始，因腓神經受損害，使足趾難于背屈，病人踉蹌易跌倒。嚴重者足下垂，行走困難。上肢癱瘓先從手指開始，由于伸肌受累比屈肌早而嚴重，可呈腕下垂。隨后肌力減退，肌肉萎縮，蹲踞發生困難。腱反射由減弱以至消失。年長患兒的中樞神經系統損害與成人相似，表現為腦型（wernicke腦病），患兒有情感、心理精神狀態的異常如神經質、急躁易怒或憂郁消覺，注意力不集中。部分患者還有眩暈及眼球震顫、共濟失調，可能小腦和前庭功能也受損害。