生殖功能包括兩方面內容，即受孕能力和生殖力。不孕癥是指無保護性生活1年不能受孕者；生殖力是指妊娠至活產的能力。約1/3的內異癥患者有不孕的問題，包括生殖輔助技術同樣提出內異癥患者妊娠率低。另外，內異癥患者常發生反復性流產。
內異癥關于不孕癥治療原則是早期診斷、早期治療；腹腔鏡是診斷盆腔內異癥的金標準。
治療措施應診斷內異癥造成生殖功能障礙的以下環節：1、恢復輸卵管、卵巢之間的正常解剖關系；2、清除內異病灶和腹腔液對生殖功能的影響；3、阻止疾病進展。
循證醫學資料表明，對輕中度內異癥腹腔鏡手術能提高患者的生育力。雖然剝除巧克力囊腫并不能提高患者的妊娠率，但一般認為對大于4cm的巧克力囊腫應先做腹腔鏡手術，以降低感染風險，改善取卵條件，然后再行助孕治療。然而，對不孕患者行IVF-ET要比反復做手術妊娠成功率高。
若患者按內異癥治療后仍不能妊娠，或年齡較大妊娠困難者，應及時使用助孕技術如宮腔內人工受精及IVF-ET等促進妊娠。