1、妊娠期用藥
針對數百名孕婦的資料顯示， 妊娠前三個月應用氟康唑單劑或重復給藥， 劑量低于每天200 mg 時， 未對胎兒造成不良影響。
有報道患球孢子菌病的母親接受了大劑量氟康唑（ 每日400 至800 毫克） 3個月或超過3 個月的治療后， 嬰兒出現了多處先天性異常。這些異常是否與使用氟康唑有關尚不清楚。對動物胎仔的不良反應只有在大劑量用藥并產生母體毒性時才能發生。氟康唑劑量為5 或10 毫克/公斤體重時對動物胎仔無影響； 在劑量為25 和50 毫克/公斤體重或更高劑量時，可觀察到胎仔解剖學變異（多肋，腎盂擴張）及骨化延遲。在劑量為80 毫克/公斤體重（ 約為人體推薦劑量的20-60 倍）至320 毫克/公斤體重范圍時，可引起大鼠胚胎致死數增加并引起胎仔異常，其中包括波狀肋、腭裂和面顱骨骨化異常。這些作用與大鼠雌激素合成受到抑制有關，而且可能是已知的雌激素水平降低對懷孕、器官形成和分娩過程的影響所致。
除非患者患有嚴重的、甚至威脅生命的真菌感染， 并且預期治療的益處超過對胎兒潛在的危害時， 可考慮使用氟康唑， 否則妊娠婦女應避免使用本品。
2、哺乳期用藥
氟康唑在乳汁中的濃度與其血漿濃度相似，因此不推薦哺乳期婦女使用本品。