寧波大學SciRep解析癌相關ceRNAs

　　來自寧波大學醫學院的研究人員,針對胃癌中長鏈非編碼RNA（lncRNAs）相關的競爭性內源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)展開了調查，研究結果發布在8月15日的《Scientific Reports》雜志上。

　　寧波大學醫學院的郭俊明（Junming Guo）教授是這篇論文的通訊作者。郭教授的主要研究方向是腫瘤分子診斷、非編碼RNA與腫瘤。

　　MicroRNAs (miRNAs)在基因表達調控中發揮著重要的作用。每個miRNAs或許都可以抑制多達數百種的轉錄物，而每一種轉錄物或許也是多個miRNAs的靶標。它們的調控網絡參與了包括發育、癌發生和腫瘤轉移等各種生物學過程。

　　數年前Salmena和同事們提出了一種ceRNA假說。這一假說描述了由miRNAs介導的一個復雜的轉錄后調控網絡：通過共享一個或多個 miRNA反應元件(MREs),一些蛋白質編碼RNAs和非編碼RNAs競爭結合miRNAs，由此調控彼此的表達。此后，越來越多的研究提供了令人信服的證據支持這一假說.

　　lncRNAs是一類轉錄本長度超過200nt的RNA分子，它們并不編碼蛋白，而是以RNA的形式在多種層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等）調控基因的表達水平。有研究證實一些lncRNAs是通過充當ceRNAs在基因表達調控中發揮重要作用。相比于mRNAs，這些非編碼 RNAs不會受到翻譯的干擾是更為有力的ceRNAs。但目前仍未充分地了解lncRNA相關的ceRNAs在癌發生中所起的作用。

　　在這篇文章中，研究人員基于胃癌lncRNA微陣列數據、生物信息學算法miRcode以及miRNA靶標數據庫TarBase，首次構建出了一個 lncRNA-miRNA-mRNA網絡。隨后，利用頭頸部鱗癌、前列腺癌、甲狀腺乳頭狀癌、垂體促性腺激素腫瘤、卵巢癌、慢性淋巴細胞白血病6種癌癥類型的數據對這一網絡進行了驗證。研究結果顯示出了一個明確的癌相關ceRNA網絡。

　　研究結果揭示出了相關的8種lncRNAs (AC009499.1, GACAT1, GACAT3, H19, LINC00152, AP000288.2, FER1L4, and RP4-620F22.3)和9種miRNAs (miR-18a-5p, miR-18b-5p, miR-19a-3p, miR-20b-5p, miR-106a-5p, miR-106b-5p, miR-31-5p, miR-139-5p, and miR-195-5p)。例如，通過它的MREs來競爭miR-106a-5p，lncRNA-FER1L4調控了PTEN、RB1、RUNX1、 VEGFA、 CDKN1A,E2F1、HIPK3、IL-10和PAK7的表達。此外，一些實驗結果表明，FER1L4 siRNA同時抑制了FER1L4和RB1的mRNA水平。

　　這些結果表明，一些包含有MREs的lncRNAs在癌癥中的轉錄后調控中發揮了重要的作用。