安培檢測器的測量原理本身也決定了它固有的局限性與不足。
第一，電化學檢測器所使用的流動相必須具有導電性。安培檢測器采用的流動相中必須有常用濃度范圍為0.01mol/L-0.1mol/L 的電解質（如含鹽的緩沖液）存在。流動相要有足夠高的介電常數，使電解質充分解離。流動相在電極表面呈電化學惰性，工作電壓下背景電流小。常用的反相液相色譜的極性溶劑或水溶液流動相和離子色譜的水溶液流動相大多適用于安培檢測器。
第二，安培檢測器對流動相的流速、溫度、pH值等因素的變化比較敏感。
第三，測量還原電流時，流動相中痕量的氧也可能發生電解反應，引起干擾。
第四，由于電極表面可能會發生吸附、催化氧化還原等現象，因此都有一定的壽命。目前還沒有一種通用和可靠的方法能使電極表面完全再生，需要經常清洗或更換。