在現代研究技術，如熒光顯微鏡，流式細胞儀和蛋白質芯片技術中，抗體仍然扮演著非常重要的角色。但依賴于抗體的蛋白質檢測存在一些缺點，其中最大的限制就是，抗體的可用性和質量差別很大。一些大規模項目，比如人類蛋白質圖譜（Human Protein Atlas），Antibodypedia，以及美國NIH研究院的Health Protein Capture Reagents Program等，都在通過分析人類蛋白靶標有關的抗體的系統生發和特征，來尋找解決這些問題的方法。
不過還有另一條路——質譜，這也許是蛋白組學研究中最熟悉的一種技術了，這種方法能用于特異性分析靶標興趣蛋白。在最成熟的定向分析技術，也就是選擇反應監控技術（selected reaction monitoring，SRM）中，一種稱為三重四極桿質譜儀（triple quadrupole）技術的質譜方法能檢測到獨一無二的特異性肽段，幫助研究人員高靈敏度，可重復性的定量監測這些蛋白。同期Nature Methods雜志的另外一篇“Mass spectrometry–based targeted proteomics”文章，簡要介紹了這項技術的總體情況，對比介紹了以發現為基礎的蛋白質組學分析的定向質譜技術流程，作為一種入門材料，值得一看。
定向蛋白質組的核心是利用串聯四級桿質譜特有的MRM掃描方式來定向檢測蛋白質，通過軟件計算要檢測蛋白質的肽對應的母子離子對，用串聯四級桿質譜進行MRM掃描，得到MRM色譜峰，一般還會進行MSMS掃描，以對這些肽的MRM進行序列確認，或利用 MSMS進行定性和翻譯后修飾位點檢測等。