保正純化水和注射用水的質量對制藥行業至關重要，在線電導率和 TOC 傳感器幫助實現實時監測及自動化控制，但測量純化水和注射用水中的微生物濃度卻幾乎完全依靠耗時且容易出錯的平皿法。
具體來說，通過平皿法，從制藥用水分配回路或每個使用點手動取樣檢測細菌，產生假陽性結果的概率很高，而假陽性的檢查耗時且代價頗高。據統計，企業每次處理該類事件的成本大約需要5000-18000 美元。
更重要的是，生產設備使用點很多，一個點一個月可能僅測試幾次，且通常只是在特定的時間范圍內，在水系統或使用點采集小體積的水樣，進而不斷增加在監測點發現微生物并采取有效措施的難度。
近年來，制藥行業對技術的需求推動了微生物分析儀的創新與發展，顯著減少對平皿法的依賴。例如，聚合酶鏈反應 (PCR) 擴增等測量技術比傳統實驗方法更快速，但它們需要使用染料和試劑處理水樣且不能在線使用。