目前購買熒光定量PCR儀系統，一般包括：實時熒光定量PCR儀 +實時熒光定量PCR儀開機檢測試劑+通用電腦+自動分析軟件熒光定量PCR儀組成：溫控模塊、光學系統（光源、檢測器、光路傳導）實時熒光定量PCR儀采購注意事項。
1.溫控模塊/Peltier
普通的Peltier加熱方式具有明顯邊緣效應，均一性差，是上一代的模塊PCR加熱技術，正處于被淘汰的邊緣。
目前最好的溫控模塊：銀，在金屬中銀的導熱性能較高，升降溫速度快，孔間溫度均一性好，邊緣效應相應減少
金屬的熱傳導系數表：
銀 429 ＞銅 401 ＞ 金 317 ＞鋁 237 ＞鐵 80 ＞錫 67 ＞ 鉛 34.8
另：單一模塊升降溫速度高并不代表樣本升降溫速度也高，因此在溫控模塊升降溫速度對比中，最終是要看樣本的升降溫速度是否快。最大升降溫速度不等與平均升降溫速度。
2.光源
光強比較：髙強度白光LED ＞ 鹵鎢燈 ＞單色LED
白光LED的亮度約是鹵鎢燈的3倍左右，單色LED的10倍左右，能夠捕捉到更多的熒光信號，是專業光源領域的最新技術代表，2011年開始普遍應用于專業儀器，無論光強、靈敏度與均一性可與上一代氙燈光源媲美，且壽命提升了10倍以上。
鎢燈燈絲本身存在閃爍不穩定的問題，其激發能量遠低于白光LED，事實上，無需高端品牌汽車的旗艦概念車，如豐田雷克薩斯，已經開始使用白光LED作為車頭燈。
壽命比較：髙強度白光LED = 單色LED ＞鹵鎢燈
白光LED的壽命長達10000小時以上，一般可以使用5-10年左右，基本上超過了一般科研儀器的正常工作壽命，基本終身無需更換光源，而鹵鎢燈光源基本每2年就要更換一次，費時費力，南方更是不足一年就要更換一次
另：鹵鎢燈每次運行需要半小時預熱，其中累計散發的熱量對熒光具有明顯的淬滅作用。
3.檢測器
熒光定量PCR靈敏度：冷CCD ＞CCD ＞光電倍增管 CPM ＞光電二極管
CCD作為熒光信號的接受器，其質量直接決定了儀器的檢測靈敏度和穩定性。
10℃的冷CCD，和常溫CCD有著質的區別，在專業光學領域，冷CCD的造價成本至少要比常規CCD高出一倍以上。冷CCD在更低的溫度下進行光信號捕捉，能夠提供更高的光感靈敏度和更低背景噪音。因此，有的熒光定量PCR能夠穩定區分1000和2000拷貝的濃度差異，而有的只能做到區分5000和10000個拷貝數。
4.光路傳導
光路的傳導光路設計應盡可能有效消除邊緣效應，光路設計是否有效消除邊緣效應，只有實驗才能檢驗
檢驗方法：96/384孔板中及四角各布置標準品，看差異。
a 光源直接照射微孔板上：邊緣效應明顯
b 逐孔移動式采光：無邊緣效應，但需時常校正
c 散射采光：邊緣效應較明顯，切換光源時需要光源組件移動
此外，許多實驗室在選購熒光定量PCR儀時可能會遇到這樣的問題：到底選購幾通道的合適呢？目前市面上大部分熒光定量PCR儀在設計時已經固定了熒光通道數，因此大家在選擇儀器時會比較慎重，通道數選少了擔心無法滿足后續新的實驗應用；通道數選多了一是擔心購置預算不足，二是擔心某些通道可能一直閑置，用不上，造成資源浪費。