⑴ 病原體檢測
目前，采用熒光定量PCR檢測技術可以對淋球菌、沙眼衣原體、解脲支原體、人類乳頭瘤病毒、單純皰疹病毒、人類免疫缺陷病毒、肝炎病毒、流感病毒、結核分枝桿菌、EB病毒和巨細胞病毒等病原體進行定量測定。與傳統的檢測方法相比具有靈敏度高、取樣少、快速簡便等優點。
如：結核菌基因診斷的意義主要表現在：
a.區分TB與其它分枝桿菌；
b.檢測TB耐藥基因；
c.提高TB的陽性檢出率。
⑵ 產前診斷
到目前為止，人們對遺傳性物質改變引起的遺傳性疾病還無法治療，只能通過產前監測，減少病嬰出生，以防止各類遺傳性疾病的發生，如為減少X連鎖遺傳病患兒的出生，從孕婦的外周血中分離胎兒DNA，用實時熒光定量PCR檢測其Y性別決定區基因是一種無創傷性的方法，易為孕婦所接受。
⑶ 藥物療效考核
對乙型肝炎病毒(HBV)、丙型肝炎病毒(HCV) 定量分析顯示：病毒量與某些藥物的療效關系。HCV高水平表達，干擾素治療作用不敏感，而HCV低滴度，干擾素作用敏感；在拉米夫定治療過程中，HBV-DNA的血清含量曾有下降，隨后若再度上升或超出以前水平，則提示病毒發生變異。如PCR技術在HBV檢測中的應用及意義：
a.了解乙肝病毒在體內存在的數量。
b.是否復制。
c.是否傳染，傳染性有多強。
d.是否有必要服藥。
e.肝功能異常改變是否由病毒引起。
f.判斷病人是適合用哪類抗病毒藥物。
g.判斷藥物治療的療效。
⑷ 腫瘤基因檢測
盡管腫瘤發病的機理尚未清楚，但相關基因發生突變是致癌性轉變的根本原因已被廣泛接受。癌基因的表達增加和突變，在許多腫瘤早期就可以出現。實時熒光定量PCR不但能有效地檢測到基因的突變，而且可以準確檢測癌基因的表達量。目前用此方法進行過端粒酶hTERT基因、慢性粒細胞性白血病WT1基因、腫瘤ER基因、前列腺癌PSM基因、腫瘤相關的病毒基因等多種基因的表達檢測。隨著與腫瘤相關的新基因的不斷發現，熒光定量PCR技術將會在腫瘤的研究中發揮更大的作用。