移液器的清潔可分為外部清潔和內部清潔。
外部清潔是指移液器外表面的清潔、擦拭。通常可用清潔劑(肥皂液、洗潔精等)擦洗,然后用雙蒸水擦凈晾干即可。
內部清潔是指移液器內部的套柄、活塞等部件清潔。移液器套柄的清潔方法與外部清潔一致;活塞清潔可以用雙蒸水(或先用異丙醇沖洗再用雙蒸水)洗凈,晾干。此外還需要涂抹專用的密封油脂。