1光路系統
光路是檢測部分的核心，優質先進的光路能夠使檢測結果更加準確。
（1）單色器與檢測器
目前生化分析儀的單色器主要有兩種類型，一種是干涉濾光片、第二種是光柵分光式。
干涉濾光片
干涉濾光片價格低，旋轉方式選擇波長容易，易受潮變質。而且在選擇波長的時候伴隨機械運動，不但增加了噪聲、震動對結果的影響，而且還提高了儀器的故障率。
光柵分光式
無相差蝕刻凹面光柵是當今理想的全息光柵。分光準確，半帶寬小，使檢測線性提高。光柵使用壽命長，光柵系統無需任何保養，能滿足臨床化學檢測要求。
（2）分光方式
前分光 過去傳統是普遍采用前分光。過去的光度計，在光源燈和樣品杯之間，先要用濾光片或光柵分光，通過可調的狹縫，取得與樣品對單色光的吸收量（吸光度）；
后分光 而后分光則是將一束白光（混色光）先照到樣品杯，然后再用光柵分光，然后個檢測器檢測任何一個波長的廣的吸收量。光路中無可動部分，無需移動儀器的任何部件，可選擇多個波長，不僅提高了工作效率，減少了故障率，而且顯著提高了分析精度。
2溫控系統
全自動生化分析儀溫度一般設為37℃.溫度對實驗結果影響很大。因此要求溫度控制在±0.3℃。
水浴恒溫 早先的自動生化分析儀都是采用水浴。其優點是溫度均勻、穩定。缺點是升溫緩慢，開機預熱時間長，需要加防腐劑。但由于現代技術的發展，有些廠家設計出高速二次預溫功能，解決了水浴控溫升溫緩慢的缺陷。
空氣干式浴 優點是升溫迅速，無需保養。缺點是溫度易受外界環境溫度影響，從而導致檢測結果不穩定。
恒溫液循環間接加熱 在比色杯與恒溫液間有一幾毫米的空氣夾縫，恒溫液通過加熱夾縫的空氣達到恒溫。其溫度穩定性優于干式浴差于恒溫水浴，缺點需要定期更換恒溫液，成本高昂。
3攪拌和清洗系統
目前先進自動分析儀采用新的攪拌系統。如：迪瑞公司CS-1200分析儀采用獨特的平槳式攪拌棒，攪拌棒表面采用特殊不沾圖層，具有不粘敷異物、無攜帶污染物的特點。攪拌棒高速旋轉攪拌，攪拌穩定，比色杯內容物不外溢，不產生氣泡，使檢測結果更準確。
迪瑞CS-1200全自動生化分析儀采用先進的溫水八步驟自動沖洗比色杯。是用的抽干技術，使比色杯沖洗更干凈、徹底，防止項目間的交叉污染。
4智能化探針系統
探針是自動生化分析儀的基本系統，依靠探針的良好性能來完成樣品和試劑裝填，因此探針系統是生化分析儀比較重要的系統。
（1）普遍采用三維結構，在三維方向裝填移動，回旋余地較大。為了增加速度和減少污染，樣品和試劑不采用同一探針。
（2）采用可靠的沖洗，使污染達到較低限度。
（3）隨量跟蹤技術：探針可依據分注液量的多少，自動調節探針的下降高度。這樣，不論需要加注多少樣品量或試劑量，探針會自動調節高度，以防止加注液體時液體飛濺到比色杯上，保證超微量檢測時的精確。
（4）自動液面探測：探針帶有感應裝置，探針液面會自動停止下降。這樣可以保護探針意外損傷及節省試劑。
5分注系統
樣品和試劑的加注有助于檢測結果的準確。因此生化分析儀分注系統要求性能優異。
生化分析儀分注器分為普通注射器、陶瓷芯注射器、陶瓷分注泵幾類。
普通注射器的優點是價格低廉，缺點精度不高，壽命相對較短。
陶瓷芯注射器的優點是陶瓷芯設計抗磨損能力強，使用壽命長。缺點是精度不高。
陶瓷分注泵為陶瓷芯設計，耐磨能力強，使用壽命更長，同時擁有超高的分注精度，保證使用壽命的同時有保證了加樣加試劑的精度，保證了檢測結果的高準確性。