即使樣品和流動相己做過前處理,也仍難以完全避免柱子受到污染,因此必須對柱子進行清洗。清洗應定期進行,如果在短期內分析許多樣品,則以每日清洗一次為宜,至少也應周一次,防止有太多雜質在柱上堆積
反相柱的常規洗滌辦法:分別取甲醇、三氯甲烷、甲醇-水各20倍柱體積(即對于一根4.6mm×25cm的柱來說,通常是50~60ml,而對于9.4mmx50cm的柱來說,通常是500~600ml),使之通過柱子。然后用流動相平衡(通常仍用20倍柱體積),柱一般將恢復正常。如果選擇性仍和以前不一樣,則表明還有其他雜質留在柱子里,這時應考慮更加嚴格地清洗先用20倍柱體積的水,再用相同體積0.05mol/L硫酸,最后用流動相溶劑、酸洗常能洗下有機溶劑所不能洗下的剩余雜質。在低pH值下做長期(一天或更長)清洗是不適宜的,但50mI洗液以2ml/min的速度清洗25min,一般對鍵合相沒有損害。注意,強堿不能用來清洗任何微粒硅膠柱(不論是鍵合相還是非鍵合相),因為硅膠骨架會溶解。對嚴重污染的反相柱,只能采用再生的方法。