儀器開箱后，按資料袋內附件清單，進行逐項清點，并將易損零件的備件予以妥善保存。然后按照儀器的使用說明書上要求，將其安放在工作平臺上，按照接線圖將儀器各部分連接起來，注意各接頭不要接錯。
（1）減壓閥的安裝。將兩只氧氣減壓閥、一只氫氣減壓閥分別裝到氮氣，空氣和氫氣鋼瓶上（氫氣減壓閥的螺紋是反向的，并在接口處加上所附的O形塑料墊圈，以便密封），旋緊螺母后，關閉減壓閥調節手柄（即旋松），打開鋼瓶高壓閥，此時減壓閥高壓表應有指示，關閉高壓閥后，其指示的壓力不應下降，否則有漏氣現象，應及時排除（用墊圈或生料帶密封），然后旋動調節手柄將余氣排掉。
（2）外氣路連接。把鋼瓶中的氣體引入色譜儀中，有的采用不銹鋼管，有的采用耐壓塑料管。若用塑料管，就要在接頭處用不銹鋼襯管和一些密封用的塑料等材料。把主機氣路面板上的載氣、氫氣、空氣的閥旋鈕關閉，然后開啟各路鋼瓶的高壓閥，調節減壓閥上的低壓表輸出壓力，使載氣、空氣壓力為0.35～0.6MPa（3.5～6.0kgf/cm2），氫氣壓力為0.2～0.35mpa。然后關閉高壓閥，此時減壓閥上低壓表指示值不應下降，如下降，則說明連接氣路中有漏氣現象，應及時排除。
（3）色譜儀氣路氣密性檢查。打開色譜柱箱蓋，把柱子從檢測器上拆下，將柱口堵死，然后開啟載氣流路，調低壓輸出壓力為0.35～0.6MPa，打開主機面板上的載氣旋鈕，此時壓力表應有指示。最后將載氣旋鈕關閉，半小時內其柱前壓力指示值不應有下降，若有下降則漏，應予排除。若是主機內氣路有漏，則拆下主機有關側板，用肥皂水（最好是十二烷基磺酸鈉溶液）逐個接頭檢漏（氫氣空氣也可以如此檢漏），最后將肥皂水擦干。
（4）色譜儀調試。色譜儀電路各部件檢查：儀器啟動前，應首先接通載氣流路，使載氣流量為20～30mL/min。開啟主機總電源開關，色譜柱箱內馬達開始工作，檢查是否有異樣聲響。若有，則應立即切斷電源，進一步檢查排除。按照說明書，逐個對柱溫（包括程序升溫）、進樣器溫度、檢測器溫度進行恒溫檢查，觀察其是否能在高、中、低溫下保持恒定，要求柱溫控制精度達到0.01℃。