如下圖是色譜質譜聯用儀的接口與色譜儀組成的進樣系統示意圖。樣品由色譜進樣器引入色譜儀，經色譜柱分離的各個組分依次通過接口進入質譜儀的離子源。最常用的是氣相色譜質譜(GC/MS)和液相色譜質譜(LC/MS)兩種進樣模式。該進樣系統的關鍵部分是接口，應滿足以下三個條件:
GC/MS進樣器
①接口不破壞離子源的真空，也不影響色譜柱分離的柱效(不增加色譜系統的死時間)。
②接口應能使色譜分離的各組分盡可能多地進入質譜儀離子源，而使色譜流動相盡可能不進入。
③接口的存在不改變色譜分離的各組分的組成和結構。GC/MS進樣系統主要用于氣體有機物的同位素測定，由GC分離的有機物，經燃燒爐焚燒后轉變為C、H、O的氧化物，如二氧化碳和水，供質譜儀測定其同位素比和組成。