真空系統是質譜儀的重要組成部分，通常情況下質譜儀的離子源、質量分析器和離子檢測器都需要在高真空下工作。
如果質譜儀的離子光學系統內部不是一個良好真空狀態，離子在運動過程中就會和真空室內的殘留氣體分子頻繁地發生碰撞，顯著降低儀器的分析靈敏度，并產生一系列的干擾效應，使質譜分析復雜化，造成背景增高、分析誤差增大。當真空度變得很差時，還會引起系統內電極之間相互放電或對地放電，使分析無法進行，嚴重時會損壞儀器的離子光學及電子學部件。
因此說真空系統運行的好壞對質譜儀非常重要，不僅直接影響儀器的靈敏度和分析精度，還會間接影響儀器的使用壽命。如果真空系統出現故障，整臺設備都會隨之停止運轉。