在GC/MS方法分析樣品時，對羥基、胺基、羧基等官能團進行衍生化有十分重要的作用，主要表現在：
1、改善樣品的氣相色譜性質。如羥基、羧基等氣相色譜特性不好。
2、改善樣品的熱穩定性。
3、改善樣品的分子質量。分子量增大，有利于樣品與基質的分離。
4、改善樣品的質譜行為。
5、引入鹵素或吸電子基團，是樣品可用CI檢測，提高靈敏度。
6、分離手性化合物。
