凝膠滲透色譜（GPC）與凝膠過濾都統一在排阻色譜的名下，不過習慣上使用親水性的凝膠，如葡聚糖凝膠，并使用水溶液作為洗脫液稱為凝膠過濾法；用疏水性凝膠如交聯的聚苯乙烯凝膠，并使用有機溶劑作為洗脫劑則稱為凝膠滲透色譜法。
它們都有相同的工作原理，即在凝膠柱中裝有化學惰性的多孔物質——凝膠作為固定相，然后以溶質的分子尺寸大小進行分離。當選擇的凝膠孔徑與被分離的溶質分子的尺寸相匹配后，
被分析體系中的較大尺寸的分子只能進入凝膠的大孔，而較小尺寸的溶質除了可以進入凝膠的小孔外，還可以進人比它尺寸大的中孔、大孔。如此意味著尺寸小的溶質分子要比尺寸大的分子經歷更長的路徑，結果是大分子首先被淋洗出來，而小分子后淋洗出，這樣，一個被分析的體系中溶質分子是以其分子的尺寸大小進行分離的。
作為凈化的要求，它比色譜過程簡單，如同用膜滲析的方法（分離效果不如GPC那樣精細）。GPC法能除去被分析樣品中那些有干擾的大分子，反過來也可以除去小分子以獲得凈化的大分子。使用凝膠過濾的方法，用SephadexG25和Bio — GelP2凈化經糖蛋白酶酶解獲得的糖肽（分子質量在1000?3000u，這包括去除未酶解的糖蛋白大分子和小分子鹽對分析的干擾）。凝膠滲透凈化可以與GC （包括GC/MS）、LC （包括LC/MS）相配合，可以省時、省力達到去除干擾物質的目的，不必為去除干擾而花費很多時間，由此增加了 GC、LC的運行時間，與此同時也提高了 GC、LC色譜柱的壽命。
所以，GPC方法尤其適合于像食品、農作物、體液、泥土等這類復雜體系中目標物的凈化，例如動物脂肪、肉類中氯代烴農藥殘留物，糧食、飼料中的黃曲霉素，水果、蔬菜或其他作物中的有機磷農藥殘留物等。
GPC的凈化主要依賴于一根GPC柱，它可以手工操作來達到凈化的要求。不過，為了進行大量樣品的預處理，目前發展f專用的全自動化的GPC處理系統，如O —I— Analytical公司開發的GPC Autoprep 2000裝置可以在易產生干擾的共提物體系中對環境與食品的60種目標化合物進行自動分離和收集。
實際上，最新的裝S既可以與全自動索氏提取器相配合，也可以（或者說更適合）與自動樣品蒸發濃縮器聯用供GC/MS、HPLC/MS分析，由此構成了完整的樣品預處理系統。例如，LCTech公司開發的GPC Ultra和J—2公司開發的Accuvap MP5均屬于全自動樣品定量制備儀，可以方便地實現樣品的凈化和定量濃縮。