在化學分析中，質譜與核磁共振、紅外光譜、紫外光譜現已被認為是有機結構分析的四大工具。其中，有機質譜具有特別重要的地位是近代分析中的重要技術之一。與其他分析技術相比，它有以下幾個特點：
①靈敏度高、進樣量少。通常只需要微克級甚至更少的樣品量便可得到一張很好的可供結構分析用的質譜圖，其所用的樣品量比紅外光譜及核磁共振要低幾個數量級。
②分析速度快。幾秒甚至不到1s的時間就可完成一次分析。
③可以測定微小的質量和質量差。質譜儀測定質量范圍的下限為一個原子質量單位即大約10-27kg的氣體質量，高分辨質譜儀能區分相差幾十萬分之一的兩種質量。
④能直接探討物質的性質。在質譜技術中，因為電離過程是在原子或分子的電子層發生的，通過對電離過程的探討，可以闡明物質的特性。
⑤分析范圍廣。改變質譜儀的電、磁參數，可以在短時間內分析多種成分，做到一機多用。
⑥技術綜合性強。質譜儀是一種大型、復雜而且精確的儀器，它涉及精密機械加工技術、真空科學技術、電子技術以及物理、化學和數學等各方面的知識。因此，質譜儀器制造復雜，造價昂貴，而且儀器的操作、維護要求有熟練的人員，這些是質譜儀的不足之處。但隨著生產水平的提高，真空技術的發展及電子計算機的廣泛應用，質譜儀器的這些缺點正逐漸被克服。