1）光譜、質譜主要是物質定性鑒定分析方法，它提供物質的各種結構信息，包括所含官能團、相對分子質量，乃至某個化合物，既可鑒定已知物，也可鑒定未知的新化合物；而色譜法本質上不具備定性分析功能，提供的分子結構信息有限，必須用已知物對照才能根據保留值定性，這是色譜法最大的弱點。
2）色譜法最主要的特點是適用于多組分復雜混合物分離分析；這是光譜質譜法分子分析所不及的。通過解聯立方程，光譜法也只能分析二元、三元等簡單混合物，而分析方法就比較復雜。采用數學方法和計算機技術，光譜、質譜法的發展有可能實現多組分混合物分析，但困難在于未知組分的干擾，如果有大量未知組分存在，光譜、質譜對多組分分析難以實現。
3）色譜儀器的價格相對比分子光譜、質譜儀器低得多，適用范圍和領域更廣。
4）一般來說色譜檢測器比分子光譜法靈敏度更高，比質譜靈敏度低。色譜高分離能力與光譜、質譜的結構、定性鑒定相結合，色譜作為光譜、質譜進樣系統,或光譜、質譜作為色譜檢測器，即色譜與光譜、質譜聯用是當今儀器分析廣泛的應用技術和最重要發展方向之一。