體系文件在編寫過程中應注意以下三個問題：（1）體系文件的先進性和經濟性。認可準則提出的要求是對實驗室能力的通用要求。有的基礎薄弱的實驗室，在按照認可準則的要求編寫體系文件時，擔心今后難以施行。為促進質量管理的科學性、先進性。實驗室應堅持認可準則的要求，嚴格對各項質量活動的控制。同時，考慮到管理成本，體系的實際運作既要符合要求，又要合理、實用、可操作，盡可能降低運行成本。（2）體系文件的系統性和一致性。體系文件呈金字塔型結構，所有的文件都共存于一個系統，文件之間相互關聯、相互引用。質量手冊是綱領性文件，其他文件都不能有與他不符或矛盾的地方，而只能是它的細化、展開或具體化。在文本的表現形式上，應采用統一的格式，按照同一規則編號。為了做到體系文件的系統性和一致性，需要主編和所有參與編寫人員的充分溝通和協作。（3）體系文件的符合性和權威性。手冊、程序文件的內容應符合認可準則的要求，不能隨意裁減質量要求。作業指導書要有可靠的技術依據，符合相關規范性文件的要求。體系文件應履行起草、審核、批準手續、由責任部門編號、印刷、發布，明確文件解釋人，確立并維護其在實驗室內部的“法規”地位，而不僅僅是在文件中包含批準人的姓名這一形式。
