質量管理體系文件化是質量管理體系有效運行的基礎，體系文件化不是單純的文字工作，而是伴隨著體系的策劃、建立、記錄著體系從建立、試運行到不斷完善的發展歷程。先編手冊后編程序文件和先編程序文件后編手冊各有利弊。如果先寫手冊，對要素（過程的原則性描述難以體現實驗室質量管理的特色。如果先寫程序文件，沒有手冊作指導，不確定因素多，編寫效率受到影響。為此，很多實驗室采取了“齊頭并進”的辦法。成立體系文件編寫小組，由質量主管負責，學習認可準則和質量管理知識以及先進實驗室的管理經驗，深入理解和掌握認可準則。在初步確定組織機構、部門職能和人員職責以后，根據認可準則和《檢測和校準實驗室認可準則應用說明》以及實際工作的需要，討論確定需編寫的程序文件目錄，由質量主管執筆編寫質量手冊，由參與過程和活動的人員分頭編寫程序文件。

由參與過程和活動的人員來編寫程序文件的好處在于：由于起草人對該項工作比較熟悉，了解國家相關法規的規定、實驗室現行管理程序形成的歷史原因、目前工作狀況和日常工作中相關部門的反映，寫出來的程序更容易貼近實際，同時也有利于使員工產生參與感和責任感。