一、用水時段
一般來水，當用水分布情況較多時，需要選擇大流量型的實驗室超純水機作為中央供水系統的主機，然后可通過分路管道輸送到各用水點；如果用水點比較集中的話，則可以使用單臺超純水機，即可滿足實驗需求。
二、用水點分布
一般而言，超純水機的設計參數（水質、流量、耗材壽命等）都是以水體質量較優的水源作為標準。如果用戶使用水源較差的話，則需要選擇產水量和水質指標較高一級的超純水機，這樣能夠有效防止產水水質迅速下降，以及避免超純水機的耗材頻繁更換。
三、操作方便
選購超純水機時，盡量選擇使用方便的設備，有些設備控制系統復雜，使用時要調整許多參數，這樣設備就給我們的使用造成了很多的不方便。
四、節能耗材
超純水機中耗材的頻繁更換會使得水機的使用成本始終很高，如果在選用純化住內填充更多的純化樹脂的純水機，增大交換量，也會大大增加處理水量，使用成本也相對降低。
五、維護方便
要保證超純水機始終能夠正常運行，穩定產水，應盡量選擇可以簡單更換耗材的儀器，方便出現問題可以自行處理，并且最好對水機有實時的監控，對于耗材的使用情況進行提醒功能也是非常重要，它可以在耗材耗竭，水質徹底變壞之前，提醒用戶準備更換耗材。