一、病毒性疾病
(一) 小鼠肝炎病毒(Mouse hepatitis virus MHV)
屬冠狀病毒科。自然宿主為小鼠，也容易感染裸鼠與免疫缺陷小鼠。可引起多種型式的病癥，發病時無癥狀或昏睡，皮毛粗剛，厭食，或有神經癥狀。傳染途徑依不同型分為飛沫傳染或經口傳染。
造成研究干擾有導致免疫抑制或免疫刺激，抑制淋巴球增殖反應，抑制小腸淋巴組織Peyer’s Patch中B細胞免疫球蛋白的分泌。
控制方法1. 清除受感染的族群 2. 利用剖腹產防止污染 3. 殺死所有新出生的小鼠，停止繁殖，成鼠至少隔離6-8個星期，如此聚居地里的病毒才可以完全消除。
(二) 仙臺病毒(Sendai virus)
屬RNA病毒中的副黏液病毒科第一型。可構成小鼠最常見的呼吸器官疾病，通常不會產生明顯的臨床癥狀，而多呈潛伏性感染 (latent infection)。
感染途徑：由呼吸道進入體內，在上呼吸道復制后進入氣管及小支氣管中。在仔鼠或某些品系小鼠，如DBA/2往往受仙臺病毒感染發生肺炎。
臨床癥狀：皮毛粗剛，呼吸困難和發生氣管啰音。
預防及控制：避免讓感染進入動物房內，定期對供貨商作健康狀況監視，隔離。
(三)小鼠肺炎病毒Pneumonia virus of mice (PVM)
天然宿主：小鼠、大鼠和倉鼠。屬于副黏液病毒屬(paramyxoviridae)的肺病毒(pneumovirus)。小鼠常見的感染(感染率 > 50%)，通常無臨床癥狀。
病變：引起慢性鼻炎，間質性肺炎。
控制：使用剖腹產及良好的環境障壁。
(四) 鼠痘Mouse pox (缺肢畸形 ectromelia病毒)
屬Poxviridae之正黏液病毒屬。宿主為小鼠。鼠痘是非常嚴重的疾病，具高度傳染性及死亡率。傳染途徑：直接接觸和媒介物：例如小鼠組織，小鼠血清，轉移性小鼠腫瘤。
有抵抗力的品系(不明顯的感染)：C57BL/6和C57BL/10；易感染的品系(顯現臨床癥狀)：BALB/c、A、DBA/2、CBA和C3H。
臨床癥狀：可呈現急性、亞及性、慢性或隱性等型。包括面部水腫，皮下丘疹，腳，臉，耳和尾巴皮膚靡爛，或者是四肢和尾巴壞死腐脫。急性會死亡。
控制：1. 對引進的小鼠和小鼠組織作隔離及檢測。2. 消除感染的小鼠和組織，以及消除房舍內的污染。3. 停止繁殖，懷孕期間子宮內的感染，導致剖腹產可能無法完全避免污染。
(五) 淋巴球性腦膜脈胳膜炎病病Lymphocytic Choriomeningitis Virus (LCMV)
(六) 其它
小鼠也容易受到其它病毒感染，有K病毒，李奧病毒，小鼠肺炎病毒，泰氏腦脊髓炎病毒，小鼠腺病毒等。這些病毒都在健康小鼠體內呈隱性感染，無臨床癥狀。但是這些病毒仍會對研究造成影響。一般是依血清學上的檢驗(ELISA)或豬病理學檢查來做病源確認。
二、霉漿菌性和細菌性疾病
(一) 霉漿菌癥(Murine mycoplasmosis)
又稱慢性鼠類肺炎(Chronic Murine Penumonia)。為格蘭氏陰性菌具多形性，在囓齒目常見菌種有Mycoplasma
pulmonis。感染品種有大鼠、小鼠。在野鼠 (Rattus
norvegicus)、兔、倉鼠與天竺鼠有時可分離到。在傳統飼養區動物易常見，在SPF隔離區動物則可能有不顯性感染 (subclinical
infection)。單純感染本病為中高罹病率、中低死亡率。
感染途徑：飛沫傳染，子宮內垂直感染。
臨床癥狀稱病鼠癥候群(sick mouse syndrome)，包含拱背、皮毛粗糙、體重下降、活動力下降等。嚴重發病時呼吸急促、鼻音明顯 (snuffling)、歪頭、大鼠眼窩外與鼻部周圍有紅色分泌物使毛色呈微紅。
唾液腺淚腺病毒、仙臺病毒、 呼吸道桿菌或巴斯德桿菌等對呼吸道有親合性之病原，會加重霉漿菌感染的癥狀。空氣中氨與SO2濃度過高也可能促使動物發病。室溫太高、動物過度擁擠、通風不佳也可能增加發病的機率。
避免霉漿菌的傳播：針對環境因子作控制，增加籠舍清潔的頻率。2.降低籠舍飼養密度來減低籠舍內氨氣濃度。
(二) 葡萄球菌感染 (Staphylococcal infection)
金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)通常存在于鼻咽喉、下消化道，毛發和皮膚上，在普通的動物和有良好屏障飼養的動物，包括小鼠、大鼠及人類都有。
致病性依照宿主狀況、衛生情況、皮膚和黏膜有否創傷等不同因素而異。可以引起1. 小鼠皮膚炎及化膿，尤其是裸鼠的皮膚膿瘡。2.
在免疫充足的品系C57BL/6Bd引起臉部膿瘡。3. 對裸鼠造成眼眶和臉部皮膚膿瘡。4. 引起C3H/HeN品系包皮腺(preputial
gland)膿瘡。5. 對年輕有攻擊性的公鼠造成自體陰莖切斷(毀損)。
金黃色葡萄球菌的感染可能會造成宿主免疫反應的改變。在控制上主要1. 改善衛生狀況。2. 消除可能造成皮膚傷害的設備。3. 降低每個籠舍的動物數量。4. 降低每只公鼠負責交配的母鼠數。5. 治療多半無效，因此定期檢查并淘汰感染小鼠。
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(三) 鏈球菌癥
鏈球菌(streptococcus dermatitis)可以引起局部壞死性潰瘍性皮膚炎與全身系統性的感染。可以在頸部兩耳間，耳下與耳翼處見到潰瘍。全身感染則是敗血癥及心內膜炎。
改進動物環境衛生或使用系統性抗生素療法，可以避免感染的機會。
(四) 泰瑞氏疾病 (Tyzzer’s disease)
梭狀桿菌(Clostridium piliforme)引起。常發生在惡劣環境或免疫抑制的小鼠。
傳染途徑為經口傳染(芽胞，糞便等)。臨床癥狀為水樣下痢，脫水及食欲不振或無臨床癥狀突然死亡。
預防：1. 有良好的衛生，避免過度擁擠飼養。2. 食物和墊料用高溫高壓滅菌鍋消毒。3. 用0.3 %的次氯酸鈉清毒房舍以滅少芽胞數量。
(五) 與纖毛相關的呼吸道桿菌
天然的宿主為大鼠、家兔和小鼠。屬于格蘭氏陰性，棒狀桿菌。通常在感染霉漿菌的動物身上被發現。微生物依附在呼吸道的上皮細胞。
臨床癥狀：無癥狀或輕度呼吸道癥狀。如果有輕度啰音，易見于肥胖小鼠。
(六) 沙門氏菌癥 (Salmonellosis)
有2種血清型常見于小鼠和大鼠(S. typhimurium和S. enteritidis)。也屬于人畜共同傳染病原。
感染途徑：糞便污染的墊料、食物及飲水，由口攝入感染。
臨床癥狀：哺乳期的小鼠或食物和飲水被剝奪時容易導致感染而發病。
預防與控制：1. 清除受感染的動物，隔離受感染的飼養者，剖腹產。2. 定期對嚙齒類族群做健康監控，維持良好的隔離屏障。
三、 寄生蟲
(一) 蟯蟲(Pinworms)
可感染大小鼠的蟯蟲有三種，大鼠蟯蟲(Syphacia Muris)，鼠蟯蟲(Aspiculuris tetrater)及小鼠蟯蟲(Syphacia obvelata)。后兩者為小鼠常見。
蟯蟲寄生在盲腸與結腸。輕微感染時無癥狀，嚴重時會生長遲緩，下痢,腸套迭和脫肛等現象。
控制：1. 定期的健康監測。2. 嚴格的環境消毒，飼料與墊料的滅菌。3. 定期的投藥。4. 增加換籠的頻度。5. 感染嚴重時，可將比較珍貴的感染動物進行帝王切開術，再隔離飼養。6. 使用有濾網的籠蓋可防止籠間感染。
(二) 絳蟲(Tapeworms)
微小包膜絳蟲Hymenolepis nana。感染小鼠嚴重會下痢及生長遲緩。
預防鼠絳蟲要以嚴格衛生管理及消除中間宿主為主。
(三) 毛虱 (Myobia musculi)
是一種對實驗小鼠有病原性的小疥蟲(mites)。常見于毛發濃度的區域，例如頭頂和背；裸鼠和無毛小鼠比較不具感染力。C57BL品系很容易導致嚴重的皮膚病；可能因為這品系對疥蟲過敏。
可從皮膚刮取下的毛發中找到。藥物治療可以減低數量但無法根除，從環境改善避免感染以及剔除感染老鼠為根本的辦法。
(四) 跳蚤(Fleas)
盲蚤Leptopsylla segnis為寄生于小鼠及大鼠的一種跳蚤。會引起皮膚刺激，過敏性皮膚炎，貧血和食欲不佳。
跳蚤控制，動物房內不能飼養野生嚙齒動物，并且要防止其進入動物房內。
四、飼養管理性疾病
(一) 環尾癥 (Ring Tail)
一般實驗動物房相對濕度在50-70 %，溫度在20-25℃之間。當濕度降在40 %以下而溫度升高時，就容易發生環尾癥。
環尾癥出現于大小鼠，但小鼠較常發生。尾巴出現圓形環狀紋，初期呈現水腫，出血，皮膚壞死及脫皮。嚴重者尾根及尾巴成干性壞疽病變，留下永久性環形紋。
(二) 其它
外傷：常發生于同籠的公鼠互相攻擊。
脫毛：可在全身各處發生，原因很多。理毛行為，打架，外傷，環境緊迫，內分泌異常等都可以引起脫毛。