基因的密碼子偏性與所編碼蛋白質結構域的連接區和二級結構單元的連接區有關、翻譯速率在連接區會降低。馬建民等通過聚類分析的方法研究發現,哺乳動物MHC基因的密碼子偏愛性與所編碼蛋白質的三級結構密切相關,并可通過影響mRNA不同區域的翻譯速度,來改變編碼蛋白質的空間構象。其研究所選取的蛋白質結構單位是蛋白指紋,它在很大程度上也是一種蛋白質功能單位,表明密碼子偏性與蛋白質的功能也存在密切相關。改變密碼子使用模式可目的性改變特定蛋白質的結構與功能。