密碼子的設計實驗

1. 為了仿效一個高水平表達的植物基因的密碼子頻率，用 CODONS 程序計算了番茄Rubisco(核酮糖二磷酸羧化酶/加氧酶）小亞基的密碼子。遺憾的是，這個單基因可能是一個太少太極端的樣本，因為它沒有每個密碼子的樣例。于是又加入了另外一個在植物中高水平表達的基因 [煙草花葉病毒殼蛋白（TMV) 的基因] 的密碼子表和一個來自細菌但已知在植物基因表達中沒有問題的基因 [也就是來自 Tn5 的 NPT-Ⅱ(卡那霉素抗性）基因] 的密碼子表。CODONS 程序按順序接受了這幾個基因，然后自動創建一個總密碼子表。

2. 接下來，用 TRAFIG 程序，以單字母的代碼，生成了一個目的蛋白 Ds-Red 和 CryV 的氨基酸列表。將這個輸出文檔編輯成一個標準的 fasta 形式，然后作為 REVTRANS 程序的輸入文檔，這個程序不僅需要氨基酸序列，也需要一個用來模仿的密碼子表。REVTKANS 可以方便地讀入被 CODONS 創建的總表的輸出格式。序列生成程序運行則有些慢（無論計算機運行得有多快），因為其每秒僅產生 18 個密碼子。這是因為其用從新年到最近的 1/18s 的時間來 seed—個偽隨機數生成程序。REVTRANS 程序可以被連續運行，每次都可以得到一個不同（部分同源）的 DNA 序列，但是每個序列都能夠編碼輸入的蛋白，并且在它們的密碼子表中有著幾乎完全相同的按使用者的要求仿效的密碼子使用頻率。