1.缺鐵性貧血
需注意與發生于嬰兒期重癥缺鐵性貧血區別。
2.血紅蛋白E病
HbE/β海洋性貧血綜合征與本病相似，但前者Hb電泳可見HbE>30%。
3.紅細胞葡萄糖－6－磷酸脫氫酶（G-6PD）缺乏
紅細胞葡萄糖－6－磷酸脫氫酶（G-6PD）缺乏所致的先天性非球形細胞性溶血性貧血（CNSHA）重型者與重型β海洋性貧血臨床表現相似，但前者感染及氧化性藥物可加重貧血，紅細胞Heinz小體陽性，HbF含量正常可鑒別。
