兩性畸形的患者如有外生殖器畸形，通常在幼兒時就診，而多數病人是由于在青春期因性器官發育受限或異常才就診，通常需要進一步檢查方能確診。兩性畸形的診斷需要通過以下幾個方面：
1.病史
有無家族史，孕期病史。
2.體格檢查
體形、外貌、第二性征、肛檢。
3.性染色體檢查
睪丸組織、皮膚組織、骨髓、外周血均可，為避免遺漏嵌合體，采樣組織可在兩種以上。
4.性染色質檢查
性染色質在正常女性間期細胞核中可以找到，可采取口腔黏膜細胞、陰道壁細胞、尿沉淀細胞、皮膚、頭發等，常采用口腔黏膜細胞。
5.化驗檢查
24小時尿17酮類固醇的增加和孕三醇的顯著增加，對診斷女性假兩性畸形很有價值。
6.B超檢查
盆腔有無卵巢或隱睪的存在以及兩側腎上腺有無腫大，對疾病診斷很有價值。