臨床上要注意排除其他病毒性肺炎，支原體，衣原體，細菌性，真菌性肺炎。肺結核，流行性出血熱，肺嗜酸性粒細胞浸潤癥等。臨床表現類似的呼吸系統疾患，有條件的單位應及時作相關病原學檢查，對臨床疑似病例，應連續3天動態觀察外周血相和胸部正，側位X線片，兒童SARS應與以下的呼吸道感染疾病鑒別：
1.上呼吸道感染(感冒，扁桃體炎，咽炎，喉炎等) ：上呼吸道感染一般有噴嚏，流涕，鼻塞，咽喉疼痛，扁桃體腫大，聲音嘶啞等，也可以發熱，咳嗽，部分病例周圍血白細胞也可減少，但肺部聽診無啰音，胸部X片沒有肺炎表現，并且數天后病情好轉痊愈。
2.細菌性肺炎： 可有或無原發感染灶，咳嗽多伴有白痰，膿痰,或小嬰兒表現喉鳴，有發熱，周圍血白細胞數升高，核左移，兩肺聽診可聞及干濕性啰音，胸部X片兩肺有斑片狀模糊陰影，尤以雙下肺明顯，嚴重病例可合并胸腔積液或膿胸，抗生素治療有效，沒有強的傳染性。
3.肺炎支原體肺炎 ：年長兒多見，也可有流行，初為干咳，后轉為頑固性劇咳，可有發熱，頭痛，肺部體征常不明顯，胸部X片改變卻與體征不相符，常以肺門周圍陰影增濃為突出的間質性肺炎改變，或均一的實變影，嚴重病例可有全身多系統的臨床表現，大環內酯類抗生素有效。
4.呼吸道合胞病毒肺炎： 多見于2歲以內，尤其以2～6個月嬰兒多見，起病急，可不發熱或有中，低熱，咳嗽，喘息明顯，呼吸困難，肺部體征出現早，可聽到滿肺喘鳴音和肺底部細濕啰音，胸部X片顯示小片狀陰影，多伴有明顯肺氣腫征，抗生素治療無效，經對癥支持療法3～5天，喘息停止，病情逐漸好轉，預后良好。
5.腺病毒肺炎： 多見于6個月至2歲的小兒，常有稽留高熱，全身中毒癥狀重，精神萎靡，面色蒼白，咳嗽，呼吸困難，發紺，肺部體征出現較晚，高熱4～5天后方聞及兩肺細濕啰音，肺部病變融合則有肺實變體征，胸部X片改變出現較早，可見大小不等的片狀陰影，或融合成大病灶，多見肺氣腫，病情嚴重，病程遷延可達4～6周，常遺留不可逆性肺損傷，后遺癥有肺不張，肺纖維化，支氣管擴張，反復發作性肺炎等。
6.真菌性肺炎： 常在許多全身性疾病基礎上發生，如血液病，營養不良，結核病，免疫功能缺陷等，也可繼發于嬰幼兒肺炎，支氣管擴張癥，起病較緩慢，病程遷延，更換多種抗生素無效，病情日益加重，常合并鵝口瘡，皮膚或消化道等部位的真菌感染，可有發熱，咳嗽，氣促，發紺，精神萎靡，年長兒可有無色膠胨樣痰咳出，肺部聽診呼吸音減弱，可聞及管狀呼吸音和中小水泡音，胸部X片有點狀陰影，可似粟粒性肺結核改變，亦可有棉絮狀陰影或大片實變灶，抗真菌藥物治療有效，如達扶康，氟康唑，酮康唑等。
7.衣原體肺炎： 衣原體根據抗原結構，對磺胺敏感性和包涵體性質等分為4種：沙眼衣原體(C.trachomatis，CT)，肺炎衣原體(c.pneumoniae，Cpn)，鸚鵡熱衣原體(C.psittaci)，家畜衣原體(C.pecorum)，前三者與人類疾病相關。
(1)沙眼衣原體肺炎：占嬰兒肺炎的18.4%，多見于1～4月齡幼嬰，可由沙眼衣原體感染的母親垂直傳染給嬰兒，起病較緩慢，先有上呼吸道感染癥狀，鼻塞，流涕，多數無發熱或僅有低熱，以后出現呼吸增快及明顯咳嗽，50%以上病例伴有耳鼓膜外觀異常，50%伴有眼結膜炎，體格檢查可聞及兩肺細濕啰音或喘鳴音，胸部X片呈廣泛肺間質及肺泡浸潤，常見過度充氣。
(2)肺炎衣原體肺炎：是1989年被正式命名的新衣原體種，現公認是5歲以上小兒及成人重要的肺炎病原之一，肺炎衣原體肺炎起病緩慢，一般癥狀較輕，常伴咽炎，喉炎及鼻竇炎，多見咳嗽，并且持續時間長，可達3周，胸部聽診可聞及干濕啰音，胸片無特異性改變，多見單側下葉浸潤，可并發胸腔積液。
(3)鸚鵡熱衣原體肺炎：是人畜共患性疾病，人受感染主要是吸入含有鸚鵡熱衣原體的鳥糞，粉塵或與病鳥接觸而致病，多見于年長兒及成人，起病急，全身中毒癥狀明顯，常有寒戰，高熱，頭痛，肌痛，關節痛，咳嗽明顯，初為干咳，以后頻繁劇咳，咳膿性痰，偶有血絲痰，嘔吐，肝脾腫大，貧血，兩肺可聞及啰音，胸部X片早期有彌漫性肺間質浸潤，從肺門向周邊特別向下肺野伸展，實驗室檢查：可進行咽分泌物，痰等涂片直接鏡檢，或通過衣原體分離，血清學檢查，PCR 技術等方法檢測，治療以選用大環內酯類抗生素，沙眼衣原體肺炎也可用磺胺二甲基異噁唑，年長兒和成人用氟喹諾酮類效果也很好。
8.小兒軍團菌病： 中國1982年首次報告了軍團菌病，此病是由軍團桿菌引起的感染性疾病，小兒受軍團菌感染后容易發生肺炎，臨床以肺炎表現為主的多系統，多器官受損，從而具有多種多樣的臨床表現，病初期酷似感冒或重感冒，表現全身不適，頭痛，肌痛，疲乏，發熱，咳嗽，流涕，若能很快自限則好轉痊愈，若病程不自限，且進一步惡化，患兒就有寒戰，高熱，呼吸困難，咳膿痰至咯血，肺部可出現干濕啰音和實變體征，實驗室檢查周圍血白細胞明顯升高，痰等分泌物培養有軍團菌生長，血清特異性抗體IgM和IgG陽性，PCR檢測敏感性可高達100%，治療以紅霉素為首選，療程3周。