麥膠蛋白引起小腸黏膜損傷的機制尚不完全清楚,有認為與腸黏膜缺乏一種肽酶,使麥膠蛋白不能被分解而沉積在腸黏膜相關;但該肽酶并不呈長期缺乏,故目前多傾向認為發病與免疫相關,免疫機制尚不明,有認為麥膠蛋白作為抗原與抗體結合,形成免疫復合物,后者可促使T及K(殺傷)淋巴細胞在腸黏膜聚集,通過細胞免疫反應損傷腸黏膜,未經治療的病人血清中可測到抗麥膠蛋白IgA抗體,也說明本病與免疫有關。