小腸上部黏膜病變廣泛是本病特點之一，黏膜變平，有淺溝將其分隔呈不規則溝回狀，鏡下絨毛萎縮，變短，其至變平，使小腸吸收面積顯著減少，陷窩上皮增生，使陷窩加深，扭曲，絨毛上皮細胞表面不整齊，胞漿內有空泡形成，上皮細胞間有淋巴細胞浸潤，固有層有慢性炎性細胞(漿細胞，B淋巴細胞等)浸潤，雖絨毛縮短，隱窩延長也可見于其他疾病，如輪狀病毒腸炎，藍賈第鞭毛蟲病及熱帶口炎性腹瀉等，但這些疾病無上皮細胞改變，且黏膜變薄，本病黏膜厚度正常，牛奶或豆蛋白腸病，免疫缺陷病等腸道病變，多為斑片狀，絨毛也僅表現為部分萎縮，與本病黏膜病變廣泛有所區別。