原發性膀胱輸尿管反流的癥狀主要從兩方面表現，腎積水和尿路感染。反流導致上尿路內的尿液無法排空，到一定程度即會產生腎盂和輸尿管的擴張，在超聲上反映出來。因此凡超聲發現的腎積水都應行VCUG，以排除反流。由于相當一部分患兒是無癥狀反流，在高危人群中，用超聲進行反流篩查有實際意義。尿路感染在兒童中更多的表現是非特異性的，包括發熱、嗜睡、無力、厭食、惡心、嘔吐和生長障礙等。在嬰幼兒無菌反流可表現為腎絞痛，但表現不典型。大兒童可指出在膀胱充盈或排尿時，肋部疼痛，年長兒在并發急性腎盂腎炎時,也有腰、腹部疼痛和觸痛。