病原為巨細胞病毒，是一種DNA病毒，屬皰疹病毒類，健康小兒可攜帶此種病毒。先天性病例的傳染途徑主要是從受感染的母親，經過胎盤傳給胎兒。出生時即可出現黃疸、紫癜及肝脾腫大。后天傳染主要經呼吸道、受染的尿及輸血。在新生兒及早產兒較多見，多于生后4個月內發病，患病者和攜帶病毒者均可從尿和唾液中排出病毒。近年來由于廣泛應用激素及免疫抑制藥，較大年齡的兒童，特別在惡性腫瘤、器官移植病人應用免疫抑制藥治療之后及AIDS患兒，巨細胞病毒肺炎有增多趨勢。在接受骨髓移植的病人中，CMV感染的發病率很高，移植后CMV的感染率為60%～70%，且有10%～50%，發展成為間質性肺炎。有研究證實，在免疫受抑制或免疫缺陷病人發生的間質性肺炎，有50%是由CMV引起的。