無論是先天性或后天性巨細胞包涵體病，肺炎常被其他全身嚴重癥狀所掩蓋。新生兒巨細胞肺炎可表現為持續性呼吸窘迫，但同時常有肝脾腫大、黃疸、紫癜和中樞神經系統損害。生后數月發病者，肺炎亦可合并肝、脾增大，有時還并發卡氏肺囊蟲肺炎。肺部癥狀多與其他非細菌性肺炎相似，有咳嗽、呼吸困難、發紺及三凹征等。聽診多無異常，與肺部X線改變不相平行。X線胸片可見廣泛的索條狀紋理增粗和小葉性炎癥浸潤灶，呈網點狀陰影。患兒有病毒血癥時，出現肝大和肝功能低下等慢性肝炎的表現。巨細胞病毒引起的單核細胞增多癥難以與EBV引起的傳染性單核細胞增多癥鑒別。 本病缺乏獨特的臨床表現，常需病毒學和血清學的診斷方法。
1、病原學檢查 應用人胚肺成纖維細胞可從患者呼吸道分泌物及尿培養分離出巨細胞病毒。尿沉渣涂片后可找到有包涵體的巨細胞。分子生物學技術：聚合酶鏈反應(PCR)方法直接檢測巨細胞病毒DNA，與病毒分離比較具有快速、特異、敏感等優點，目前已應用于早期快速診斷。 HCMVpp65檢測：HCMVpp65是HCMV的晚期抗原，HCMVpp65抗原血癥是活動性HCMV感染的重要標志。檢測方法是應用單克隆抗體技術和免疫染色法直接檢測被感染細胞內的HCMV編碼的蛋白質。該方法診斷活動性HCMV感染的敏感性和特異性≥90%。
2、血清學檢查 應用免疫熒光、間接血凝抑制及補體結合等試驗，均可發現抗體滴度升高。應用間接免疫熒光試驗、免疫酶染色法及酶聯免疫吸附試驗(ELISA)測抗CMV-IgG和IgM抗體，CMV-IgM抗體陽性表示近期感染，有診斷價值。單份血CMV-IgG抗體陽性表示既往感染，而急性期和恢復期雙份血清CMV-IgG抗體效價呈4倍或4倍以上增高時有診斷意義，表示有近期感染。
并發病癥
長期接受免疫抑制藥物治療和器官移植的病人，發生CMV感染和肺炎時，易并發細菌感染，也有合并腺病毒感染的。有的患兒可發生彌散性間質性肺纖維化(Hamman-Rich syndrome)。