由于UC缺乏特異性的診斷標準，CD又難以獲得可確定診斷的病理組織學的結果mdash；mdash；非干酪樣肉芽腫，目前對于IBD的診斷還是比較困難的。
1.潰瘍性結腸炎的診斷和鑒別診斷潰瘍性結腸炎為局限于結腸黏膜的慢性彌漫性炎癥，從直腸開始向近段蔓延呈連續性，對稱性分布，病變為炎癥和潰瘍。
臨床表現以血性腹瀉為特點，發作與緩解交替，腹瀉也可表現為黏液便，可伴腹痛，里急后重，嘔吐，厭食，常有明顯的生長遲緩，貧血，發熱，低蛋白血癥等全身表現以及關節炎，虹膜睫狀體炎，肝脾腫大等胃腸道外表現。
結腸鏡檢查和黏膜活體組織學檢查是診斷的關鍵，病變從直腸開始，呈彌漫性分布，結腸鏡下表現為；黏膜血管紋理模糊，紊亂，充血，水腫，易脆，出血，及膿性分泌物附著；病變明顯處尚可見到彌漫的多數性糜爛，潰瘍；慢性病變者可見結腸袋變淺，假息肉形成及黏膜橋形成，組織學上所見隨病變活動與緩解而有不同，UC病變主要累及黏膜和黏膜下，黏膜固有肌層僅在暴發性UC時受累，活動期上皮和隱窩急性炎癥細胞浸潤，尤其上皮細胞中性粒細胞浸潤，隱窩炎，隱窩膿腫形成；慢性期有隱窩結構改變，早期隱窩上皮增生，后期隱窩大小形態不規則，極向不正常，腺體排列紊亂，扭曲分叉，黏液分泌減少，胞漿嗜堿性改變，固有膜慢性炎癥細胞浸潤，如發現炎癥活動性與慢性化綜合表現診斷價值更大。
潰瘍性結腸炎與以下疾病相鑒別：
(1)感染性腸炎：很多感染性腸炎如沙門菌，志賀菌，大腸埃希菌，耶爾森菌，阿米巴原蟲和難辨梭狀芽孢桿菌所致腸炎表現為急性起病的黏液膿血便，血便，結腸鏡下所見及組織學改變，如黏膜血管紋理模糊，紊亂，充血，水腫，易脆，出血，糜爛，潰瘍，急性或慢性炎癥細胞浸潤，與早期或不典型UC相似，因此，UC應與上述疾病相鑒別。
①一般細菌性腸炎：UC與多數細菌性腸炎的主要區別在于癥狀持續時間，UC所致血便，黏液膿血便常常持續數周至數月不等，而細菌性腸炎的血性腹瀉則較短，由沙門菌，志賀菌，彎曲菌感染引起的腸炎雖然癥狀類似于UC，但血便一般在3～5天后即可得到緩解，耶爾森菌感染性腸炎癥狀持續14～17天，細菌性腸炎大便培養可陽性，UC與感染性腸炎另外一個重要區別在于病理改變，UC常有隱窩結構的改變，呈不規則扭曲和分叉狀，數量減少，黏液分泌缺失及隱窩擴張。
②難辨梭狀芽孢桿菌性腸炎：亦稱假膜性腸炎，腹瀉可持續數周至數月，但該病患兒在發病前多有服用抗生素史，水樣便多見，血便少見，大便中可有大小不等的假膜，結腸鏡下可見腸壁上附有典型的圓形或橢圓形黃色假膜有助于與UC相鑒別，必要時作難辨梭狀芽孢桿菌(CD)毒素測定。
③溶組織阿米巴腸炎：癥狀持續數周至數月，大便呈暗紅色果醬樣，重者可為全血便，結腸鏡下表現為灶性，出血性潰瘍，中央開口下陷，呈燒瓶樣，病灶之間黏膜正常，而UC呈彌漫性改變，有條件者應作阿米巴血清學試驗。
(2)缺血性結腸炎：發病年齡大，多為老年人，結腸鏡下主要表現為水腫，紅斑和潰瘍形成，病變以結腸脾曲，降結腸和乙狀結腸為主，直腸很少受累。
(3)放射性結腸炎：是盆腔或腹部放射治療后發生的并發癥，以累及直腸，乙狀結腸多見，放射線對腸管的損傷作用，主要是抑制上皮細胞有絲分裂和引起黏膜下小動脈閉塞性炎癥和靜脈內膜炎導致腸壁缺血性改變，放療后出現腹瀉，多為黏液血便，結腸鏡下可見受累腸段彌漫性充血水腫，并有紅斑及顆粒樣改變，易脆，糜爛，潰瘍；晚期黏液蒼白，黏膜下血管異常擴張，腸管狹窄，腸壁增厚，結腸病理改變為炎癥細胞浸潤和黏膜下小血管炎或毛細血管擴張。
2.Crohn病的診斷和鑒別診斷
(1)CD病：Crohn病(CD)是一種病因未明，可累及胃腸道各部位的慢性肉芽腫性炎癥，以回腸末段極其鄰近結腸最常受累，病變多呈節段性，非對稱分布，直腸極少累及。
①診斷：臨床表現為慢性起病，反復腹痛，腹瀉，可伴腹部腫塊，腸瘺和肛門病變，以及發熱，貧血，體重下降，發育遲緩，關節炎，虹膜睫狀體炎，肝病等全身合并癥，綜合臨床表現，影像學，內鏡及組織學檢查，采用排除診斷法。
影像學檢查對診斷很重要，小腸鋇劑造影和(或)鋇灌腸可見多發性，節段性炎癥伴狹窄，鵝卵石樣改變，裂隙狀潰瘍，瘺管或假息肉形成等，B超，CT，MRI顯示腸壁增厚腹腔或盆腔膿腫。
內鏡下所見最早，最明顯的是細小而邊界清楚的黏液潰瘍，稱阿弗他潰瘍，常呈多灶性分布，病灶之間被正常黏膜分隔，還可見節段性，非對稱性的黏膜發炎，縱形潰瘍，鵝卵石樣改變，跳躍式分布的腸腔狹窄和腸壁僵硬等。
主要組織學特點有兩點：一是炎癥的穿壁性，在淋巴和小血管周圍形成淋巴樣集聚，這些淋巴積聚改變可分布與腸壁的任何部位；二是非干酪樣肉芽腫形成，數量少，散在分布，構成欠完整。
②排除相關疾病：要排除急性闌尾炎，腸結核，其他慢性感染性腸炎(如耶爾森菌腸炎)，腸道淋巴瘤，潰瘍性結腸炎等疾病。
(2)與闌尾炎鑒別：回盲部的CD常常容易與急性闌尾炎混淆，闌尾炎常常急性起病，嚴重腹痛伴肌緊張，CD在發病前常有一段時間的腹瀉史。
(3)與腸結核鑒別：腸結核與CD在臨床表現和病理學方面極為相似，腸結核最常見的部位是回盲部，如果患兒同時有肺結核，那么腸結核的診斷不難，但腸結核可在無肺結核的情況下發生，如有生殖系結核或伴其他器官結核，血中腺苷酸脫氨酶(ADA)活性增高，多考慮腸結核，腸結核的腸壁病變活體組織檢查可有干酪樣壞死，黏膜下層閉鎖，如有腸瘺，腸壁或器官膿腫，肛門指腸周圍病變，活動性便血，腸穿孔等并發癥或病變切除后復發等，應多考慮CD，病理活體組織檢查可見結節病樣肉芽腫，裂隙狀潰瘍，淋巴細胞聚集，但無干酪樣壞死，重要的是勿將腸結核誤診為CD，因為激素的應用會使腸結核惡化，鑒別有困難者建議先行抗結核治療，有手術適應證者行手術探查，對切除的病變腸段除進行病理檢查外，還要取多個腸系膜淋巴結做病理檢查。
(4)與小腸淋巴瘤鑒別：小腸淋巴瘤的部分癥狀與CD也頗為相似，如發熱，體重下降，腹瀉，腹痛等，影像學檢查有助于鑒別診斷，小腸淋巴瘤多為腸壁彌漫性受累伴腸壁塊影，而CD的病變往往局限于回腸，表現為腸壁的潰瘍形成和腸腔狹窄。
3.潰瘍性結腸炎與Crohn病的鑒別診斷兩者的臨床表現有所不同，UC以血便為主；而CD患兒少見血便，以慢性腹痛為主，有時在回盲部可觸及一痛，質軟的炎性腫塊，CD常合并腸瘺。
兩者的另一主要區別在于疾病的分布的部位，UC常由直腸開始，向近段延伸累及結腸某一部位而停止，病變呈連續性，往往僅累及結腸，而CD則可以累及全胃腸道的任何部位，其最常見的病變部位為回腸末段和近段結腸，病變呈節段性，病灶之間黏液正常。
內鏡下表現和病理組織學檢查，兩者各有特點。