1.假性失弛緩癥
有吞咽困難癥狀，X線檢查食管體部有擴張，遠端括約肌不能松弛，測壓和X線檢查均無蠕動波。最常見的原因是胃癌浸潤，其他少見疾病如淋巴瘤及淀粉樣變，肝癌亦可發現相似的征象。
2.無蠕動性異常硬皮癥可造成食管遠端一段無蠕動，并造成診斷困難
因食管受累常先于皮膚表現。食管測壓發現食管近端常無受累，而食管體部蠕動波極少，遠端括約肌常呈無力，但松弛正常。無蠕動性功能異常亦可在伴有的周圍性神經疾病中見到。
3.迷走神經切斷后的吞咽困難
經胸或腹途徑切斷迷走神經后能發生吞咽困難，經高選擇性迷走神經切斷術后約75%的病人可發生暫時性吞咽困難。大多數情況下術后6周癥狀可以逐漸消失。X線及測壓檢查中，可見到食管遠端括約肌不能松弛及偶然無蠕動，但很少需要擴張及外科治療。根據病史可以鑒別。
4.食管、賁門癌
賁門失弛癥是LES不能松弛，僅表現食管下端緊閉不開放，賁門食管黏膜無明顯異常，食管下端及賁門壁被動擴張良好，因此內鏡通過除稍有阻力外，均能順利進入胃腔。食管賁門癌造成的狹窄是由于癌組織浸潤管壁所致，黏膜有破壞，可形成潰瘍、腫塊等改變，病變多以管壁的一側為主，狹窄被動擴張性差，內鏡通過阻力較大，狹窄嚴重者，常無法通過，強力插鏡易造成穿孔。