兒童MDS進展較快，可從RAEB很快轉化為RAEBT乃至白血病，且預后差，部分患兒死于感染與貧血。兒童MDS的預后與多種因素有關，對于所有兒童MDS，性別與年齡無預后意義，但CMML則年齡越小預后越好，小于2歲者生存期明顯長于2歲以上者。初診時血小板計數、血液HbF含量以及細胞遺傳學改變明顯者影響兒童MDS預后。MDS的FAB分型即RA、RAS、RAEB及RAEB-t是疾病的階段而非獨立的型，如有的RA演變為RAEB，再演變為RAEB-t，再演變為白血病；有的在RA或RAEB時死于出血或感染。MDS的演變除少數為淋巴細胞性白血病外，多演變為粒細胞性白血病，以M1～M6均可見，其中以M1、M2最為多見。因類型不同，治療措施較多，所以療效不佳，綜合性治療可能改善預后。