72%的高IgE綜合征于8歲時仍保留乳牙，恒牙未萌出或與乳牙同時存在，形成雙排牙。乳牙不脫落是高IgE綜合征的特點。16歲時均可見到特殊的面容：面部不對稱（半側肥大），前額突出，眼眶深陷，凸腭，鼻根寬和鼻尖肥大。面部皮膚粗糙，毛孔增大。不明原因的骨質疏松見于多數高IgE綜合征病人，可引起反復性骨折。關節過度伸展，包括指趾關節、腕、髖和膝關節。
出生第一天即可發生反復金黃色葡萄球菌感染，包括皮膚蜂窩組織炎和膿腫，肺炎伴肺大泡、肺膿腫和膿氣胸。除金黃色葡萄球菌外，也可發生流感桿菌、肺炎球菌、A組鏈球菌、其他G陰性菌、霉菌（曲菌和毛霉菌）感染，部位以下呼吸道為主，也見于眼、耳、口腔黏膜、鼻竇、關節和全身性感染。
多數患兒有濕疹樣皮疹，其分布和性質不像異位性濕疹。