診斷
小腸細菌過度生長的診斷主要依靠小腸內容物培養或呼氣試驗，任何緩慢發生的腹瀉，脂肪瀉、體重減輕、大細胞性貧血患者，尤其是老年人或有腹部手術史的患者在鑒別診斷時要考慮小腸細菌過度生長。X線胃腸造影示憩室、盲襻、瘺管等解剖或功能異常，纖維小腸鏡和活檢對病因診斷有一定幫助。[2]
1.抗生素引起的菌群失調。
2.胃竇切除后促胃液素（胃泌素）缺乏。
3.次全或全胃切除后內因子缺乏。
4.短腸綜合征。
5.原發性小腸吸收不良綜合征。
任何緩慢發生的腹瀉，脂肪瀉，體重減輕、大細胞性貧血患者，尤其是老年人或有腹部手術史的患者在鑒別診斷時要考慮小腸細菌過度生長。
實驗室檢查
貧血可為大細胞性或低血紅蛋白性小細胞貧血，維生素B12吸收試驗異常，用內因子不能糾正，血清鐵、維生素、葉酸濃度降低，血清白蛋白、鈉，鉀、鈣，磷，鎂，膽固醇，三酰甘油等也有不同程度降低，凝血酶原活性亦降低，糞脂增高。
1.小腸內容物細菌培養小腸內容物的采集應按多位點抽取，具體方法較多，腹部手術時直視下行小腸穿刺取液最準確，但實用價值不大，國內最常采用的是經內鏡插管或小腸導管抽取小腸液，該方法相對可靠，污染率低，檢查前必須至少停用抗生素1周，至少空腹8h，標本應避免被唾液污染或稀釋，標本必須在無氧條件下取得，倍比稀釋后，接種于數個培養基在厭氧條件下進行培養，可出現不同數目的擬桿菌、厭氧的乳酸桿菌、大腸埃希桿菌和腸球菌，細菌總數超過105/ml被認為有臨床意義，常作為其他檢查如呼氣試驗的對照標準。此項檢查操作較復雜，而且費時，襻內的細菌過度生長可能出現漏診，此外對遠段小腸的內容物提取也很困難。
2.尿藍母測定尿藍母是腸道細菌分解色氨酸的產物，吸收后由尿中排出，正常人陰性或呈淡藍色，顏色加深提示細菌生長過度，操作簡單但敏感性特異性均差，現已很少應用。
3.空腸脂肪酸和空腸膽酸的測定
有較好的診斷價值，但獲取標本和測定技術困難和復雜。