本病在機體不同器官可發生相應的病理改變，小腸過敏性紫癜的主要病理改變為腸壁小血管的炎癥，血管周圍有中性粒細胞，淋巴細胞和漿細胞，血管壁有纖維素樣壞死及血小板填塞和間質水腫，腸管的黏膜層水腫伴血性滲出物或出血，或因不規則腸蠕動而發生腸套疊，如皮膚病變主要在真皮層血管，血管周圍有IgG及C3沉著而呈現紫癜和蕁麻疹，腎臟累及時多為腎小球局灶性病變，輕重不一，熒光顯微鏡可見腎小球血管基底膜上有大量纖維蛋白，補體和抗體(主要是IgA)沉著，病情嚴重時在腎小球毛細血管可出現灶性壞死，近端腎小管上皮細胞腫脹和空泡形成等，本病亦偶可累及心臟，肺及腦血管，引起相應器官的損害。