實驗概要
學習和掌握DNA的微量提取法。
實驗原理
小麥黃化苗經液氮研磨,可使細胞壁破裂,加入去污劑(如SDS),可使核蛋白體解析,然后使蛋白和多糖雜質沉淀,DNA進入水相,再用酚、氯仿抽提純化。本實驗采用SDS法,其主要作用是破膜。SDS屬陰離子去污劑,要溶解膜蛋白與脂肪,也可解聚核蛋白。SDS在溶液中帶負電荷,能與帶正電荷的蛋白質側鏈結合成復合物,當加入鉀鹽時,能與SDS-蛋白質生成溶解度很小的沉淀一同去除。酚/氯仿/異戊醇的作用是去除核酸制品中的蛋白質,并有利于水相與有機相的分開,而且可以消除泡沫。異丙醇或乙醇的作用是沉淀DNA。
處理DNA樣品時,可在65℃保溫30min,較之37℃處理有以下優點:RNA酶的最適作用溫度為65℃;DNA酶最適作用溫度為37℃,當用65℃處理時,這些酶往往處于活性極低的狀態而不會降解DNA;RNA中的某些總分會形成發卡結構,65℃處理更有利于這些結構的松散,使RNA酶的作用更完全。
主要試劑
1. 提取緩沖液
100mmo/L NaCl
100mmol/L Tris-Cl(pH8.0)
50mmol/L EDTA
1%疏基乙醇
2. 20%SDS
3. 5mol/L醋酸鉀
取29.5ml冰醋酸,用KOH顆粒調校至PH4.8,加水至100ml,室溫保存,不可滅菌。
4. 酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)
5. 異丙醇
6. 70%乙醇
主要設備
1. 冰盤(4個)
2. 研缽(8套)
3. 塑料燒杯(8個)
4. 200μl微量加樣器(2把)
5. 離心機(1臺)
6. 水浴鍋(65℃)
7. 槍頭及EP管
實驗材料
小麥黃花苗
實驗步驟
1. 稱取0.1g小麥黃化苗葉片于預冷的研缽中,加入3倍體積(W/V,約300μl) 提取緩沖液,在冰盤上研磨。
2. 研碎后轉入一EP管中,再加約300μl提取緩沖液。
3. 加入20%SDS至終濃度為2%,約 66μl。
4. 輕輕混勻后于65℃水浴,10min。
5. 加入1/10體積的5mol/L醋酸鉀(約66μl),于水浴中反應 30min。
6. 離心(15krpm,10min,4℃)。
7. 取上相轉入一新的EP管中,用等體積的酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)抽提一次(上下晃動幾次即可)。
8. 離心(12krpm,10min,20℃)。
9. 取上相轉入一新的EP管中,加入等體積的異丙醇,于室溫下反應5~10min,其間將管至少顛倒5次。
10. 離心(15krpm,10min,4℃)。
11. 棄上清液,用70%乙醇沖洗沉淀物,真空抽干或吹干,最后溶于1×TE中(約50μl)。
注意事項
1. 研磨后應迅速加入提取液,因為提取液中含EDTA,能夠螯合Mg2 等二價陽離子,防止破碎細胞中的DNA酶降解DNA。
2. 提取過程中,轉移上清液時所用的槍頭最好用剪刀將尖頭剪去,以避免對DNA造成的不必要的機械損傷。
3. 干燥DNA時,要注意,過干或過濕都不利于DNA的溶解。